El IMSP se organiza sobre la base de una red de instituciones académicas, de investigación y desarrollo que impulsan programas de salud pública en el ámbito regional y que son ejecutados en el marco del SMSP por cada uno de los sistemas nacionales de salud de manera coordinada.

El órgano de gobierno del IMSP es su Consejo Directivo (CODI), el cual está conformado por los representantes de la COMISCA, el Proyecto Mesoamérica y las siguientes instituciones académicas:

• El Instituto Gorgas de Estudios de la Salud de Panamá
• El Centro de Investigaciones y Estudios de la Salud (CIES) de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua
• El Instituto Nacional de Salud Pública (INSP) de México
• La Universidad de Costa Rica
• La Facultad de Medicina de la Universidad de el Salvador
• La Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad de San Carlos, Guatemala
• El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), en Chiapas, México

Además, el IMSP cuenta con el grupo de coordinadores nacionales del SMSP, quienes fungen como enlace con los ministerios de salud y los grupos de trabajo, y con un consejo consultivo compuesto por instituciones internacionales y nacional con alta capacidad técnica.

Para la ejecución de los programas, el Consejo Directivo dispone de un reducido Secretariado (dirección ejecutiva, coordinación ejecutiva, unidad de planeación y coordinaciones de programas estratégicos), que gestiona los proyectos y administra los recursos que se le hacen disponibles.

El Secretario identifica a los equipos que llevan a cabo cada proyecto con base en convocatorias o por asignación directa, siguiendo los lineamientos que para ello se establecen. Los ejecutores pueden ser miembros de las propias instituciones firmantes del acuerdo, o bien agencias externas, siempre procurándose tanto la participación de los Ministerios de Salud, como la disponibilidad de la capacidad necesaria para la ejecución de los proyectos en la escala regional, buscando el fortalecimiento de las instituciones participantes.